Užsitęsusi Vilniaus universiteto statuto patvirtinimo istorija yra senos istorijos apie universiteto ir politikos arba, tiksliau, universiteto ir viešosios valdžios ryšį, tęsinys. Akademinių laisvių klausimas aktualus tapo nuo pat universitetų atsiradimo. Tačiau labai abejotina, ar istorinės paralelės gali šiuolaikiniam ginčui suteikti kažkokių paruoštų atsakymų. Natūralu istorijoje ieškoti sektinų pavyzdžių, tačiau jų rasti ir sau prisitaikyti dažnu atveju gali kiekviena pusė. Kokia nors konkreti tradicija vieniems gali būti šviesus tolimos praeities pavyzdys ir dabartinės būklės legitimacija, kai tuo tarpu kitiems – nesuprantamas rudimentinis seniai pasibaigusios epochos palikimas ir pažangos stabdis. Todėl ir šis trumpas pasakojimas nepretenduoja pateikti receptus aktualios dabarties ginče, juo, veikiau, atkreipiamas dėmesį į kai kurias universalias aplinkybes, raginant ieškoti bendro ir visoms pusėms priimtino sprendimo.

Pradžioje reikia pasakyti: universitetai Europoje gimė sykiu ir kaip laisva korporacija, ir kaip valdžios instrumentas. Frydrichas Barbarosa ir Bolonija, Karolis IV ir Praha, Ruprechtas iš Vitelsbachų ir Heidelbergas – šios ir daugelis kitų Viduramžių universitetų fundacijų buvo valdovų siekio stiprinti monarcho valdžios organizaciją išraiška. Valdžiai nebeužteko karinės jėgos, jai reikėjo raštų, patarimų ir idėjų. Už tai monarchai buvo pasirengę atsisakyti kai kurių savo prerogatyvų ir juos perleisti profesorių ir studentų korporacijoms. Taip gimė universitetų kaip nepriklausomų mąstymo, mokymo(si) ir tyrimo centrų idėja. Universitetų privilegijose ir statutuose buvo surašytos akademikų, taigi profesorių ir studentų, teisės, mokymo įstaigų struktūra ir organizacija. Viduramžių teisės sampratos ir miesto kategorijų įtakoje akademikai save traktavo ir buvo kitų suvokiami kaip savo amato meistrai, turintys išskirtines teises suteikti ir gauti aukštojo mokymo išsilavinimą, o taip pat disponuojantys savo teisine erdve – universiteto teritorijoje galiojo tik jo paties jurisdikcija. Šia prasme universitetas niekuo nesiskyrė nuo kitų to meto jurisdikcijų – jų Viduramžių mieste galėjo būti dešimtys.  

Tiesa, už globą ir teises universitetai turėjo atlikti valdžios užsakymą: Bolonijoje akademikai pagrindė imperatoriaus išskirtines teises (regalijas), Paryžiuje, atvirkščiai, apibrėžė Prancūzijos karaliaus suverenumą imperatoriaus valdžios atžvilgiu, o Prahoje vėlgi kūrė Karolio IV kaip monarcha mundi įvaizdį. Net ir universiteto dar ilgai neturėsiančios Lietuvos santvarkos klausimu keli universitetai kartą paskelbė (beje, vienas kitam prieštaraujančias) nuomones. Didžiojo kunigaikščio Vytauto karūnacijos bylos įkarštyje, ginčijantis kam – popiežiui ar imperatoriui – priklauso teisė palaiminti naujos karalystės atsiradimą, lenkų Krokuvos universitetas pasisakė už popiežiaus primatą (taigi šiuo atveju suformulavo Vytautui nepalankią poziciją), kai tuo tarpu Vienos universiteto (tampriai susijusio su pagrindiniu Vytauto sąjungininku, Romos karaliumi Zigmantu Liuksemburgiečiu) juristai lygiavertiškomis laikė ir imperatoriaus teises. Bet kuriuo atveju viską nulėmė ne universitetų nuomonė, o „realios politikos“ sprendimai. Žinoma, galima rasti ir daug priešingų – nepaklusnumo valdžiai (nesvarbu viešajai ar savajai universitetinei) pavyzdžių – bene ryškiausi tarp jų yra naujų universitetų atsiradimo „iš protesto dvasios“ atvejai – Kembridžo universitetas susikūrė daliai profesorių ir studentų pasitraukus iš Oksfordo, Paduvos – iš Bolonijos, o Leipcigo – iš husitiškos Prahos.    

Šios ir daugelis kitų istorijų aiškiai byloja, kad nuo pat savo istorijos pradžios universitetai gyveno tarp laisvos korporacijos dvasios ir viešosios valdžios lūkesčių. Vilniaus universitetas šiuo požiūriu kažkuria prasme buvo dar nepalankesnėje situacijoje. Atsiradęs jėzuitų iniciatyvos, Lenkijos bei Lietuvos valdovo Stepono Batoro ir popiežiaus Grigaliaus XIII privilegijų dėka, jis nuo pat steigimo balansavo ties kelių valdžių kompetencijų riba. Tiesa, Lenkijoje paprastai rezidavę valdovai palyginti nedaug domėjosi universiteto reikalais, tačiau prieštaravimų netrūko čia pat, Vilniuje. Jau karaliaus privilegijoje buvo paskirti universiteto veiklą prižiūrintys kancleris ir pakancleriai, kuriais numatyti ne universiteto žmonės – Vilniaus ir Žemaitijos vyskupai. Tiesa, popiežiaus privilegijoje šie atstovai ne tik kad nebuvo paminėti, priešingai, vietos vyskupams (europiniu pavyzdžiu) įsakmiai uždrausta kištis į universiteto vidaus gyvenimą. Kita vertus, šioje privilegijoje universiteto valdymas (įskaitant statutą, rektoriaus parinkimą ir kt.) buvo priskirtas jėzuitų ordino generolo kompetencijai. Todėl ir rektorius buvo nerenkamas, o jėzuitų generolo skiriamas (paprastai trumpai kelių metų kadencijai) iš ordino vienuolių, o teismų bylose universiteto vadovybė atstovavo požiūrį į akademiją kaip vienuolišką instanciją. 

Iš skirtingų steigimo privilegijų ir skirtingų požiūrių į universiteto pobūdį kylantis prieštaravimas dėl universiteto valdymo netrukus pasireiškė realiame gyvenime. 1591 m. universiteto studentai buvo apkaltini Vilniaus kalvinistų maldos namų sudeginimu. Protestantų didikai reikalavo, kad bylą spręstų pasaulietinis teismas – Vyriausiasis Tribunolas. Tačiau universiteto kancleris Vilniaus vyskupas, remdamasis karaliaus privilegija, paskyrė savo arbitrą. Tribunolo akivaizdoje universiteto rektorius deklaravo, kad studentai yra nepavaldūs jokiam civiliniam teismui ir savo pasiekė. Kitas panašus konkuruojančių jurisdikcijų pavyzdys žinomas iš 1722 m. Tų metų vasarį keli studentai buvo apkaltinti miesto muziko Kazimiero Gembičiaus sumušimu. Bylą nagrinėti ėmėsi dviejų pusių sudaryta komisija – universiteto rektoriaus ir Vilniaus vyskupijos kapitulos, tačiau pats nukentėjusysis siekė procesą perkelti į tribunolą. Byla baigėsi taikos sutarimu, tačiau ir vėl pasaulietinio teismo pavyko išvengti. Šiais atvejais universiteto ir jo „išorinio prižiūrėtojo“ Vilniaus vyskupo (tuo pačiu ex officio universiteto kanclerio) nuomonės sutapdavo. Tačiau netruko ir konfliktinių situacijų, kaip antai universiteto vadovybės įtempti santykiai su Vilniaus vyskupu Konstantinu Kazimieru Bžostovskiu.   

Taigi ankstyvoji Vilniaus universiteto istorija liudija skirtingą „autonomijos“ laipsnį: galima kalbėti apie apgintą laisvę nuo viešosios valdžios struktūrų, tačiau sykiu nebuvo galimybių kurti „autonominių struktūrų“ universiteto viduje. Kaip rašo žymus Bažnyčios ir universiteto istorikas Paulius Rabikauskas: „Kol Universitetas buvo jėzuitų rankose, jame pastebimas tam tikras ribotumas: buvo mažiau galimybių pasireikšti įvairumui, moksliniam visapusiškumui /…/ Jam iš anksto ir iš šalies buvo nustatyta pagrindinė mokslo įstaigos, kaip katalikiško universiteto, kryptis, reikėjo priimti kitų sudarytą statutą ir gana smulkiai išdirbtą reguliaminą“. Tačiau su panašaus pobūdžio problemomis iki Apšvietos laikais prasidėjusių pokyčių vienaip ar kitaip susidurdavo visi Europos universitetai.

Autonomijos idėja naujai suformuluota tik XIX a. Alexandro von Humboldto, kuris pamėgino aiškiau atskirti valstybinę valdžią nuo universiteto reikalų. Tačiau tuo metu Vilniuje universitetas jau buvo uždarytas, todėl sąlygų skleistis universiteto autonomijos idėjai, o sykiu formuotis santykiams tarp universiteto ir viešosios valdžios, teko laukti ilgus metus. Neskaitant Stepono Batoro universiteto laikotarpio tarpukaryje, toks dialogas ilgą laiką taip ir neprasidėjo ir čia, ko gero, glūdi istorinės dabartinio nesusikalbėjimo šaknys. Galbūt dabartinė situacija vėlesnių istorikų bus vertinama kaip, tikėkimės, galų gale sėkme pasibaigusių paieškų metas?