Vienas esminių valstybinių aukštųjų mokyklų (universitetų ir kolegijų) organizacinės ir valdymo struktūros pertvarkos elementų – aukštųjų mokyklų savivaldai būdingų valdymo funkcijų perdavimas tarybai, kurią sudarant akademinė bendruomenė neturi lemiamos įtakos, pripažintas prieštaraujančiu Konstitucijai. Konstitucijai prieštarauja ir ta Mokslo ir studijų įstatymo nuostata, pagal kurią valstybinių aukštųjų mokyklų valdymo organų įgaliojimai nutraukiami 2011 m. gruodžio 31 d. nesibaigus jų kadencijai. Taip nusprendė nutarimą šiandien paskelbęs Konstitucinis Teismas.

Konstitucinis Teismas pažymėjo, kad Konstitucijos 40 straipsnio 3 dalyje laiduojama aukštųjų mokyklų autonomija suponuoja šių mokyklų akademinės bendruomenės savivaldą, įgyvendinamą per jai atstovaujančias valdymo institucijas. Tokia akademinės bendruomenės savivalda sietina su demokratiniais valdymo principais, kaip antai tiesioginis akademinės bendruomenės dalyvavimas ir lemiama jos įtaka formuojant didžiausius įgaliojimus turinčią aukštosios mokyklos valdymo instituciją, kitų aukštosios mokyklos institucijų, jų narių ir valdovų kadencijų skaičiaus ribojimas.Nutarime pažymėta, kad, nustatydamas aukštųjų mokyklų valdymo ir organizacinę struktūrą, reguliuodamas jos pertvarką, įstatymų leidėjas turėtų paisyti demokratinių valdymo principų ir nesudaryti prielaidų juos pažeisti. Šių principų neatitinkantis teisinis reguliavimas galėtų sudaryti prielaidas valstybei nepagrįstai kištis į aukštųjų mokyklų valdymą ir (ar) paneigti aukštųjų mokyklų akademinės bendruomenės savivaldą, taigi pažeisti Konstitucijos 40 straipsnio 3 dalyje laiduojamą aukštųjų mokyklų autonomiją.Konstitucinis Teismas nusprendė, kad Konstitucijai neprieštarauja tai, kad valstybinės aukštosios mokyklos turi būti pertvarkytos į viešąsias įstaigas.

Neprieštaraujančiomis pripažintos ir nuostatos dėl universiteto tipo aukštųjų mokyklų pavadinimų nustatymo, Studijų kokybės vertinimo centro tarybos sudarymo tvarkos, aukštųjų mokyklų personalui keliamų reikalavimų, teologijos licenciato laipsnio teikimo, akademinės etikos ir procedūrų kontrolieriaus rekomendacijų rengiant akademinės etikos kodeksą, studijų kainos ir kt. Konstitucijai prieštarauja Mokslo ir studijų įstatymo nuostatos, susijusios su aukštojo mokslo studijomis valstybės finansuojamose studijų vietose: nuostata, pagal kurią nėra numatyta Švietimo ir mokslo ministerijai pareigos iš anksto paskelbti geriausiai vidurinio ugdymo programą baigusiųjų eilės sudarymo tvarką ir pareigos derinti šią tvarką ir aukštųjų mokyklų nustatomas priėmimo į jas sąlygas, taip pat nuostata, kad asmenų, studijuojančių valstybės finansuojamose studijų vietose, mokymosi rezultatai siekiant nustatyti, ar jie atitinka gero mokymosi kriterijus, kad toliau jų studijos būtų apmokamos valstybės, vertinami ne po kiekvieno akademinio mokymosi laikotarpio (semestro). Šios ir kai kurios kitos nuostatos pažeidžia konstitucinę gerai besimokančių piliečių teisę į nemokamą mokslą valstybinėse aukštosiose mokyklose. Šioje konstitucinės justicijos byloje pabrėžta, kad šis Konstitucinio Teismo nutarimas jokiu būdu nereiškia, kad juo remiantis gali būti kvestionuojami pagal Mokslo ir studijų įstatyme nustatytą teisinį reguliavimą sudarytų valstybinių aukštųjų mokyklų tarybų iki šio Konstitucinio Teismo nutarimo oficialaus paskelbimo priimti sprendimai, taip pat svarbiausi sprendimai dėl finansinių lėšų ir kito turto panaudojimo aukštosios mokyklos misijai įgyvendinti bei sprendimai, susiję su rektoriaus (direktoriaus) skyrimu į pareigas. Valstybinių aukštųjų mokyklų tarybos, sudarytos Mokslo ir studijų įstatymo 20 straipsnio 3 dalyje nustatyta tvarka, gali ir toliau vykdyti kontrolės, priežiūros  ir patariamąsias funkcijas, kurios neprieštarauja Konstitucijai.

Oficialiai paskelbus šį Konstitucinio Teismo nutarimą, nuo jo oficialaus paskelbimo dienos Mokslo ir studijų įstatymo straipsnių nuostatos, kurios šiuo Konstitucinio Teismo nutarimu yra pripažintos prieštaraujančiomis Konstitucijai, negalės būti taikomos. Taigi susidarys tam tikras teisinio reguliavimo, susijusio su valstybinių aukštųjų mokyklų valdymu, vakuumas. Akivaizdu, kad tokia situacija galima tik labai trumpą laiką. Įstatymų leidėjas privalo nedelsdamas užpildyti susidariusį teisinio reguliavimo vakuumą, kitaip gali būti sutrikdytas valstybinių aukštųjų mokyklų valdymas. Jeigu Seimui prireiktų daugiau laiko, jis turi įstatymu nustatyti laikiną teisinį reguliavimą, pagal kurį, atsižvelgiant į šiame Konstitucinio Teismo nutarime pateiktą Konstitucijos 40 straipsnio 3 dalies aiškinimą, kitas Konstitucijos nuostatas, įstatymais būtų nustatyti aukštųjų mokyklų organizacinės ir valdymo struktūros pagrindai.

Konstitucinis Teismas, pažymėdamas, kad oficialiosios konstitucinės doktrinos nuostatos saisto ir patį Konstitucinį Teismą, nagrinėdamas šią konstitucinės justicijos bylą iš esmės rėmėsi ankstesnių konstitucinės justicijos bylų precedentais ir juos pagrindžiančia oficialiąja konstitucine doktrina.

Visas nutarimo tekstas skelbiamas Konstitucinio Teismo interneto svetainėje www.lrkt.lt (žr. Teisės aktai / Nutarimai, sprendimai ir išvados).