Nauja socialinių stipendijų skyrimo tvarka tapo galvos skausmu daliai į šią stipendiją pretenduojančių studentų. Nors buvo numatyta, kad ši tvarka sudarys sąlygas mokėti socialinę stipendiją tiems studentams, kuriems jos labiausiai reikia, tačiau pats naujas stipendijos skirstymo ir administravimo reglamentas užkerta kelią įgyvendinti šį siekį.

Socialinių stipendijų aukštųjų mokyklų studentams skyrimo ir administravimo tvarkos 31 punktas nurodo, kad „papildomo paraiškų socialinei stipendijai gauti teikimo metu socialinė stipendija studentui skiriama likusiam semestro laikui“. Galbūt šis punktas nekeltų didesnių problemų, jeigu nustatant dokumentų socialinėms stipendijoms pateikimo terminus būtų labiau atsižvelgta į socialinės paramos skyrimo taisykles ir praktiką. Dalis studentų, ne dėl savo kaltės nespėję laiku sutvarkyti reikiamų dokumentų, gali vėliau dalyvauti tik skirstant papildomas socialines stipendijas (jeigu po pagrindinio etapo lieka lėšų). Tačiau dalyvaudami skirstant papildomas stipendijas studentai socialinę stipendiją gali gauti tik nuo to mėnesio, kada svarstomi pakartotini prašymai (rudens semestre tai – lapkričio mėnuo). Taip studentai praranda net dviejų mėnesių stipendijas.

Vilniaus universiteto ir Vilniaus universiteto Studentų atstovybės nuomone, tokia tvarka nėra sąžininga studentų atžvilgiu. Pažymima, kad stipendijų skirstymo ir administravimo tvarka tapo sudėtingesnė ir studentams, ir aukštosioms mokykloms. Studentai, norintys pretenduoti į socialinę stipendiją, tampa priklausomi net nuo kelių tarpusavyje nesusijusių institucijų, kurios tiesiogiai sprendimo dėl socialinių stipendijų nepriima, bet jį nulemia. Dėl biurokratinių procedūrų ir kitų susijusių aspektų dokumentų tvarkymas neretai užsitęsia, todėl dėl laiku nesutvarkytų dokumentų dažniausiai nebūna kalti nei patys studentai, nei aukštoji mokykla.

VU ir VU SA yra parengę kreipimąsi į Lietuvos Respublikos Ministrą Pirmininką, Švietimo ir mokslo ministrą, Socialinės apsaugos ir darbo ministrą ir Valstybinio studijų fondo direktorių, kuriame išdėstė kelis pasiūlymus. Šių pasiūlymų esmė – keisti stipendijų skyrimo reglamentą taip, kad papildomai skirstant socialines stipendijas studentai gautų stipendiją už visus semestro mėnesius, arba persvarstyti nustatytus dokumentų teikimo terminus.

Dar vienas socialinių stipendijų skyrimo aspektas verčia kai kuriuos į ją pretenduojančius studentus atsisakyti kitos – skatinamosios – stipendijos. Šiuo metu skiriant piniginę socialinę paramą įskaitomos visų šeimos narių arba vieno gyvenančio asmens gaunamos pajamos. Į šias pajamas įeina ir studento gaunama skatinamoji stipendija. Būna, kad studentui paskyrus tokią stipendiją šeimos pajamos padidėja ir šeima praranda teisę gauti socialinę pašalpą, o studentas negali pretenduoti į socialinę stipendiją. Tokiu atveju sprendimą pasilikti skatinamąją stipendiją ar atsisakyti jos ir siekti gauti socialinę stipendiją lemia objektyvus veiksnys: skatinamosios stipendijos yra dviejų dydžių – 195 ir 325 litų, o socialinę stipendiją sudaro 390 litų.